Аксапте можно передать параметром командной строки некое действие, которое она должна делать при ЗапускИОстановка:
ax32.exe -startupcmd=xxx
Расширив этот класс можно создавать свои команды
см. у MazzyMazzy: http://axapta.mazzy.ru/lib/startupcmd/